Raccoon City, una ciudad del medio oeste, ha sido totalmente diezmada por el brote de T-Virus, un incidente instigado por la compañía internacional Umbrella Corporation. Claire Redfield, que viajó a Raccoon City buscando a Chris, su hermano perdido, consiguió escapar de la ciudad junto con el agente de policía novato Leon S. Kennedy. Pero su experiencia es solo el comienzo de lo que vendría después. Ahora, tres meses más tarde, siguiendo su búsqueda ha sido capturada y trasladada a una prisión militar. Sin embargo, una serie de hechos harán que la pesadilla vuelva a comenzar. Aunque en esta ocasión, algo más maligno se gesta tras los experimentos originados por la Compañía...